BioNano数据的管道 K-INBRE生物信息学核心为BioNano分子图或预组装的BioNano基因组图谱创建了易于使用的管道，用于多次常规的组装和/或对准实验。 所有管道都有样本数据集和教程。管道从您从测绘设施收到的原始数据或汇编的基因组图谱中完成分析。 在使用这些脚本之前，不需要命令行的体验 ...
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2017-09-23 18:53:27
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人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism)：有了10倍以上的覆盖深度以后，来确认SNP信息，就相当可靠了。 一个普通黄种人的基因组，与hg19这个参考基因组序列相比，会有350万个左右的SNP。又有大概2万个是落在外显子上的，而非同义的SNP有大概9 ...
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2017-09-03 13:26:30
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我的原始测序数据是双端测序，在用trim_galore软件去接头的这一步，使用的命令行是 相当然的以为软件会默认为双端测序，结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候，发现mapping率只用10%，低的惊人。后来排除建库失败的可能，我去查看了trim_galore运行时的日 ...
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2017-09-02 11:29:41
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植物基因组在染色体大小和数目上差异很大，在一些十字花科植物如拟南芥，只不过100 Mb差异，而在百合属中竟高达100000 Mb。但是基因的数目和类型并没有这样明显的差别。不同植物基因组之间大小差异是由于基因组内存在重复DNA的缘故（多倍性这是一种原因）。在植物进化过 程中，基因组大小变化是一种相对 ...
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2017-08-31 23:07:50
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pysam - 多种格式基因组数据（sam/bam/vcf/bcf/cram/…）读写与处理模块（python） 在开发基因组相关流程或工具时，经常需要读取、处理和创建bam、vcf、bcf 文件。目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具，如samtools、picard、vcftools、bcf ...
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2017-08-24 22:42:41
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Falcon是PacBio开发的一款用于三代基因组devono拼接软件，该软件支持PBS,SLURM,SGE,TORQE, LSF作业调度系统。大体的工作原理是将长reads分隔成指定大小模块，这些模块彼此间再相互比对，进行自我纠错以及查找重叠信息，然后再用De Bruijn算法进一步拼接生成con ...
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2017-08-23 11:47:16
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基因组装配工具Falcon工作流程 1 Falcon简介Falcon (Fast Alignment and CONsensus)，是由PacBio(太平洋生物科技公司)新开发的二倍体基因组从头拼接组装工具，由HGAP（Hierarchical Genome Assembly Process）扩展而 ...
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2017-08-21 17:49:24
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在技能树论坛里看到有人说ascp可以下载宽带满速，就百度了一下，但是发现ncbi的正常可用，ebi的已经不能用了，所以更新一下。 ebi 千人基因组计划数据下载代码 ascp -i asperaweb_id_dsa.openssh -Tr -Q -l 6M -P33001 -L- -k1 era-f ...
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2017-08-18 15:52:13
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科学研究表明。埃博拉病毒的存在历史很久远，可能有两千多万年的历史，在类人猿出现的时期就已存在。 埃博拉病毒呈现一种“蚕丝状“，又细又长，无色透明。直径有80纳米，长短不等，在14微米至130微米之间，可是。埃博拉的遗传基因组却是等长的。 埃博拉病毒一旦侵入人体（无论经由什么感染渠道），就会马上侵入人 ...
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2017-08-17 10:38:11
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任务列表 比对软件 hisat2的用法 下载index文件 比对、排序、索引 质量控制 载入IGV，截图几个基因 hisat2的用法 本作业是比对到基因组，所以使用gapped or splices mapper，此流程已经更新。TopHat首次被发表已经是7年前，STAR的比对速度是TopHat的 ...
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2017-08-17 00:37:33
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