在遗传流行病学上，全基因组关联研究（Genome Wide Association Studies,GWAS）是一种检测特定物种中不同个体间的全部或大部分基因，从而了解不同个体间的基因变化有多大的一种方法。不同的变化带来不同的性状，如各种疾病的不同。这些研究通常比较两组参与者的DNA：有疾病的人（病...
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2014-08-11 11:37:02
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首先QTL是数量性状位点，比如身高是一个数量性状，其对应的控制基因的位点就是一个数量性状位点，而eQTL就是控制数量性状表达位点，即能控制数量性状基因（如身高基因）表达水平高低的那些基因的位点。数量性状基因座：控制数量性状的基因在基因组中的位置称数量性状基因座。常利用DNA分子标记技术对这些区域进行...
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2014-08-11 11:28:02
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高通两数据测序之后要map到基因组上，我通常用bwa bowtie和tophat 。其实我知道sam 文件有好几个field，每个field代表不同的意思，但是由于各种格式的文件确实太多了，我也记不住每个field具体的意思。每次要用的时候都是上网再去找，或者把相关的资料下载下来，再现学。 今天，....
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2014-08-10 23:57:50
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基本概念基因表达数据反映的是直接或间接测量得到的基因转录产物 mRNA在细胞中的丰度，这些数据可以用于分析哪些基因的表达发生了改变，基因之间有何相关性，在不同条件下基因的活动是如何受影响的。它们在医学临床诊断、药物疗效判断、揭示疾病发生机制等方面有重要的应用。目前，高通量检测基因组 mRNA 丰度的...
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2014-08-07 12:03:59
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从得知国际基因计划启动后，华大基因董事长（www.dna-china.org）兼总裁汪建就在想象并推近自己与基因测序之间的关系。不过那时候，他可能还想象不到他将拥有一个帝国。华大基因有这样说话的底气。在2003年抗SARS研究中，华大基因在仅4天的时间内完成了有针对性的SARS病毒全基因组测序分析、...
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2014-07-24 00:46:47
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人类生活的环境中，受到宇宙射线等的自然辐射剂量一年为 3.6 mSv(毫西弗)，一下是各种医学成像诊断设备及方法对人体的辐射剂量：----摘自 Eric Topol医生的《颠覆医疗》全书主要讲了“无线传感器” “医学成像” “医疗信息系统EMR,PACS,HIS” “基因组学” 对现代医学颠覆性的冲...
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2014-07-14 14:34:26
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选择的品种组合为：父本（p1）9311，为籼稻。 母本(p2)12，为粳稻。 后代（f1）F12.数据为RNA-seq数据。R 代表root, L 代表leaf。参考基因组选择日本晴。数据位置：参考基因组:/share/bioinfo/miaochenyong/call_snp/Osativa_20...
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2014-06-17 14:51:52
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最近在做组装稻瘟病的基因组。 估计的基因组大小为40M。 由于没有参考基因组，进行de
novo assembly。 用HGAP策略。需要的有用的pacbio数据量应为400M左右， 选用的seed read 最小长度为6K，
seed的覆盖度应在20倍左右。拼接流程为：1，filtering. 2...
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2014-06-16 10:59:10
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1， 如果是DNA数据， 那就是选择标准的参考基因组。2， 如果是RNA-seq数据，
能否用参考基因组的cDNA 数据呢？ 答案是否定的，因为存在着选择性剪切，所以，一个基因可能对应着多个mRNA, 那么你进行比对的时候很容易出现一个read
比对到多个地方， 这种情况可能会导致比对结果出现误差。...
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2014-06-02 09:28:28
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