在数据分析中，经常需要下载物种的参考基因组序列，这时有很多数据库可以选择，比如NCBI, Ensembl, UCSC这三个通用的数据库，或者该物种特有的数据库， 比如模式生物拟南芥等有专门的数据库。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中对于同一个物种，编号不统一，在这里整理一下它们之间的关系
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2016-02-14 18:19:30
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GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性，分为9列，以TAB分开。依次是：1. reference sequence：参照序列指出注释的对象。如一个染色体，克隆或片段。可以有多个参照序列。该id的取名不能以’>’开头，不能包含空格。2. source：来源注释的来源。如果未知...
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2016-01-22 14:03:23
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基因组注释主要包括四个研究方向：重复序列的识别；非编码RNA的预测；基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。1 重复序列的识别。1.1重复序列的研究背景和意义：重复序列可分为串联重复序列（Tendam repeat）和散在重复序列(Interpersed repeat)两大类。其...
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2016-01-11 13:44:04
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一、使用GATK前须知事项：（1）对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如Ion Torrent）或者实验设计（RNA-Seq）的分析方法。（2）GATK是一个应用于前沿科学研究的软件，不断在更新和修正，因此...
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2015-12-30 17:00:29
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同样看到苹果落地，可以想到苹果熟了，也可以想到万有引力定律。同样是电脑，可以用来玩游戏，也可以用来解密人类基因组。IT让每个人都能比较容易的拥有强大的信息工具，但是，并不是每个人都理解自己拥有什么，能做什么。还是要经常问问自己，初心是什么。电力的应用其实并没有多久，但是大家都已经习惯了它的存在。移动...
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2015-11-21 21:02:34
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做基因组注释先用augustus训练，然后再用maker网址：http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/可以在线分析也可以本地。在线训练网址：http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/training/create...
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2015-11-10 15:50:12
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1、用一个基因组内的相关蛋白质去重构另一个基因组中的基因的外显子-内含子结构，可通过几种方式开始：在可能的供体和受体点之间选择所有的推定的外显子，寻找所有与目标蛋白质相似的子字符串。通过试图不丢失真正外显子的方法筛选这个集合，一个可能含有许多假外显子的候选外显子集合被保留了下来。2、尽管只利用统计过程很难区分好与坏，但我们可以利用与目标蛋白质的联配来帮助搜索。3、给定候选候选外显子集合和一个目标蛋...
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2015-10-27 17:48:18
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国际人类蛋白质组计划（HPP）是继国际人类基因组计划之后的又一项大规模的国际性科技工程。首批行动计划包括由中国科学家牵头的“人类肝脏蛋白质组计划”和美国科学家牵头的“人类血浆蛋白质组计划”。“人类肝脏蛋白质组计划”的总部设在中国首都北京，这是中国科学家第一次领导执行重大国际科技协作计划。中文名国际人...
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2015-08-09 12:09:37
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组装细胞，实际上就是要人工组装生命。因为大多数科学家将生命定义为一个可以独立于其他细胞而生存、生长和复制的细胞。中文名组装细胞实际上就是要人工组装生命1990年发现人体生殖道支原体1995年文特尔对其的基因组成进行了测序1990年，科学家发现人体生殖道支原体可能是最小、最简单的细胞。1995年，美国...
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2015-08-08 10:21:06
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