文章链接：http://biorxiv.org/content/early/2016/10/15/081141 作者：Yee Voan Teo, Nicola Neretti 时间：2016.10.15 摘要： 许多宏基因组分类工具在宏基因组学领域增长速度飞速。然而，在这个领域相近物种的分类仍然是一 ...
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2016-11-20 13:36:38
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最近学习了基因组组装的课程，其中在使用kmer估算基因组大小时，讲到了二项分布和泊松分布，课程把它们的由来和关系讲得十分透彻，同时与具体实例相结合，本文再对它做一个总结。 通过这个例子也会真实的感受到数学的神奇，数学公式的变换，奇妙的证明，最神奇的是它的应用，让我想起了一本很有名但我一直都没有去看的... ...
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2016-11-07 02:20:08
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MAGENTA是一款计算工具，利用全基因组遗传数据，计算预先设定的涉及生物过程或者功能性基因集在遗传相关性的富集程度。开发的目的是分析基因型不是现成的数据集，比如大型的全基因组关联荟萃分析。在以下两种情况下可以使用：1，检验某个特定的假设；2，通过检测一系列已知的生物基因集（从不同的公共数据库提供的 ...
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2016-10-23 17:52:42
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GCTA(全基因组复杂性状分析)工具开发目的是针对复杂性状的全基因组关联分析，评估SNP解释的表型方差所占的比例(该网站地址：http://cnsgenomics.com/software/gcta/)。目前GCTA工具可实现以下功能： 1 评估全基因组SNP的亲缘关系（遗传关系） 2 评估全基因组 ...
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2016-10-22 00:17:22
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双等位基因(biallelic sites ):表示在基因组的某个位点上有两个等位基因，如下图第七个位点所示，有G/-两种形式： 多等位基因(multiallelic sites)：表示在基因组的某个位点上存在有多个等位基因，如下图第七个位点所示，在不同的样本中，有G、C、T、-几种形式： ...
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2016-10-14 20:29:10
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在开发基因组相关流程或工具时，经常需要读取、处理和创建bam、vcf、bcf文件。目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具，如samtools、picard、vcftools、bcftools，但此类工具集成的大多是标准功能，在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活。 本文介绍的是一个处理基因组数... ...
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2016-09-26 14:31:54
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深度学习 严恩·乐库 约书亚?本吉奥 杰弗里·希尔顿 摘要深度学习是计算模型，是由多个处理层学习多层次抽象表示的数据。这些方法极大地提高了语音识别、视觉识别、物体识别、目标检测和许多其他领域如药物发现和基因组学的最高水平。深学习发现复杂的结构，在大数据集，通过使用反向传播算法来说明如何一台机器应改变 ...
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2016-09-01 18:16:26
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主页：github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads，从而来consensus和组装的工具。 Falcon工具包是一组简单的代码集合，我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法。 为了提高计算速度，它有一些后台代码是使用C... ...
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2016-08-01 10:37:13
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3578: GTY的人类基因组计划2 Description GTY召唤了n个人来做实验，GTY家的房子很大，有m个房间一开始所有人都在1号房间里，GTY会命令某人去某个房间等待做实验，或者命令一段区间的房间开始实验，实验会获得一些实验信息点数，点数为房间里的人数，如果一个房间里的一群人已经做过实验 ...
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2016-07-14 21:45:16
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