如文章“Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-全基因组复杂性状分析”中介绍的GCTA，是一款基于全基因组关联分析发展的分析工具，除了计算不同性状/表型间（traits）的遗传相关性外，还可以计算亲缘关系、近交系数……，下面简单介绍如何利用GCTA计算不同性 ...
分类：
Web程序 时间：
2016-12-25 18:10:36
阅读次数：
357
什么是soft-clipped reads 当基因组发生某一段的缺失，或转录组的剪接，在测序过程中，横跨缺失位点及剪接位点的reads回帖到基因组时，一条reads被切成两段，匹配到不同的区域，这样的reads叫做soft-clipped reads，这些reads对于鉴定染色体结构变异及外源序列整 ...
分类：
其他好文 时间：
2016-12-22 22:43:47
阅读次数：
856
DNA和核苷酸的快速比对软件包，基于suffix tree 数据结构，快速、图形化、模块可用于其他软件、可进行大基因组比对、多对多基因组比对。 The MUMmer Home Page The MUMmer 3 manual & examples mummer使用 - 文库 ...
分类：
其他好文 时间：
2016-12-16 22:43:09
阅读次数：
239
当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary)。 那么SAM文件的格式是什么样子的呢？如果你想真实地了解SAM文件，可以查看 ...
分类：
其他好文 时间：
2016-12-11 20:41:32
阅读次数：
680
使用humann2: 参考晨宇大大的学习文档 HUMAnN2是描述微生物代谢通路的。使用宏基因组或宏转录组的序列信息。 http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2 安装的顺序是：Bowtie2 > Metaphlan2 > HUMAnN2 （个人建议安装an ...
分类：
其他好文 时间：
2016-12-08 09:59:21
阅读次数：
866
本次的任务是对三组儿童的肠道宏基因组测序序列进行数据挖掘。我负责的是2-3 years old，control，十个双端测序数据。 *****************************************我是分割线***********今天没有心情卖萌******************* ...
分类：
其他好文 时间：
2016-12-06 13:30:31
阅读次数：
394
在搜索资料时看到的这个名词（http://www.bioask.net/question/1552），好奇心来了，搜索一番，解释如下 高通量基因组测序中，什么是测序深度和覆盖度？ 测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20 ...
分类：
其他好文 时间：
2016-12-02 02:01:56
阅读次数：
397
PacBio公司的业务范围也就5个（官网）： Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因组测序应该是PacBio的拿手好戏，因为它这么贵（貌似是二代的... ...
分类：
其他好文 时间：
2016-11-26 22:48:21
阅读次数：
202
1、在linux中安装好R 2、准备好画曼哈顿图的R脚本即manhattan.r，manhattan.r内容如下： 3、准备好plink跑完后的.assoc.linear文件，比如mydata.assoc.linear 4、在linux中输入以下一个命令： 其中，mydata.png即为我们想要的曼 ...
分类：
编程语言 时间：
2016-11-24 07:16:06
阅读次数：
3810
全基因组关联分析流程： 一、准备plink文件 1、准备PED文件 PED文件有六列，六列内容如下： Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female; other=unknown) Phenotype PED ...
分类：
其他好文 时间：
2016-11-23 22:38:48
阅读次数：
2798
