作者是肿瘤学博士，书中重点讲目前最前沿的靶向疗法与免疫疗法。专业性没问题，通俗易懂方面，比另外一本类似的书《癌症·真相：医生也在读》要低一档。总体评价三星。 以下是书中一些重要信息的摘抄： 1：也就是说，如果中国的癌症医疗水平能赶上美国，那么我们每年都有可能拯救一座城市的人口。#48 2：现实中还有 ...
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2016-07-03 23:20:03
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参考链接： LIBSVM -- A Library for Support Vector Machines（本项目所用到的SVM包） SVM SVM - 知乎精华 支持向量机请通俗介绍 高中文化 请看Coursera的ML视频，里面有SVM 基因注释 基因组注释介绍 注释四部分：重复序列；非编码RN... ...
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2016-07-01 11:44:07
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基因组组装 （四倍体陆地棉基因组 - 南农&诺禾 – Illumina2000 – PE100 – 245X - SOAPdenovo组装 – 17w BAC - 遗传图谱）Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc.... ...
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2016-06-24 12:13:42
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转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_4af3f0d20100fq5i.html 短序列组装（Sequence assembly）几乎是近年来next-generation sequencing最热门的话题。简单来说，就是把基因组长长的序列打断(shotgun sequ ...
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2016-06-23 15:51:12
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首先需要一个远程控制工具： 这里使用 VNC，网上下载破解版，安装。 开启 linux 的 VNCserver，开启了之后，linux上会显示节点和端口，用于Windows端的连接。 运行 VNC 客户端里的 IGV.sh 开启可视化程序。 载入参考基因组数据 载入排序后的bam文件 BWA出来的s... ...
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2016-06-21 15:51:07
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项目数据： kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R1_001.fastq.gz （100X）（19G） kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R2_001.fastq.gz （100X）（20G） Y255_PCRfree_.TCCGC_L005_R... ...
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2016-06-20 20:31:48
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p-reads是啥？校正之后的reads 杂合度对基因组组装的影响？Aa就是杂合，一般植物测序的材料都会处理为纯合，因此我们可以认为同源染色体是完全相同的序列，默认我们还认为姐妹染色单体之间的序列是一致的。这样我们测序得到的就是一个整套的单倍体。动物和人的基因组组装就会显得十分复杂，因为无法弄到纯合... ...
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2016-06-16 20:10:00
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Falcon软件的组装流程 为了错误校正，将原始子reads进行overlap 预组装和错误校正 错误校正后reads的overlap检测 overlap的过滤 从overlap构建图 从图构建contigs 几个解释： sub-reads是啥？为什么要进行错误校正？校正的原理是什么？length_... ...
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2016-06-16 01:34:32
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全基因组关联分析是利用统计方法研究与性状相关联的基因。常用的软件有plink，tassel，falmm等， 其中尽管R语言中提供了几种常见的文件格式，个人感觉plink文件格式已经成为了广泛使用的基本格式。下面 是我在学习期间的plink学习总结，请笑纳： 其样本数据和代码详见https://git ...
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2016-05-10 02:09:16
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部分翻译：Hui Y, Kai W. Genomic variant annotation and prioritization with ANNOVAR and wANNOVAR[J]. Nature Protocols, 2015, 10(10).
此文只是用于作者和所有初接触annovar软件者分享交流。更深入学习请仔细阅读全文。转载请注明。
ANNOVAR是一个perl编写的命令行工具...
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2016-04-29 16:39:13
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