任务列表 1.在UCSC下载hg19参考基因组； 2.从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构，比如TP53，KRAS，EGFR等等。 3.截图几个基因的IGV可视化结构 4.下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构 5.了解IGV常识 ...
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2017-08-11 10:03:25
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http://blog.csdn.net/guomutian911/article/details/70312973 1 基础概念 平均测序深度： 指定区域内得到的所有碱基数目与该区域的长度的比值，如果是全基因组，就是整个测序的碱基数目除以基因组的大小。比如人类的基因组大小是3G(30亿个碱基)，我 ...
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2017-08-06 19:23:00
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大小3.0G 30个bp（碱基对） ； 60亿nt （碱基） 从1990-2003年，历时13年，耗费30亿美元，1bp/1$； 我国承担：人类3号染色体短臂上.由于这一区域约占人类基因组的1％,因此简称为“1％项目”.我国科学家对被国际同行称为“北京区域”的这一部分进行了详细分析,共测定3．84亿 ...
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2017-08-06 18:11:45
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1挪威云杉Norway spruce Nystedt B, Street N R, Wetterbom A, et al. The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution.[J]. Nature, 2013, 497(74 ...
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2017-08-06 18:11:21
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1挪威云杉Norway spruce Nystedt B, Street N R, Wetterbom A, et al. The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution.[J]. Nature, 2013, 497(74 ...
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2017-08-06 18:06:15
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散点图 数据点在直角坐标系平面上的分布图。在宏基因组领域，散点图常用于展示样品组间的Beta多样性，常用的分析方法有主成分分析(PCA)，主坐标轴分析(PCoA/MDS)和限制条件的主坐标轴分析(CPCoA/CCA/RDA)。 Beta多样性 Beat多样性是生态学概念，专指不同组或生态位间物种组成 ...
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2017-08-03 00:54:15
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箱线图 箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在宏基因组领域，常用于展示样品组中各样品Alpha多样性的分布 箱线图 箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。 ...
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2017-08-01 23:14:19
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宏基因组测序： 浓度>=50ng/ul OD260/280：1.8-2.0 DNA两次需要量>=3ug 宏基因组测序需要提供什么样品要求？ （1）提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物，OD值在1.8～2.0 之间；样品浓度大于30 ng/ul；每次样品制备需要10μg样品，如果需要多次制备样品， ...
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2017-08-01 23:02:02
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2017年4月28日，核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上，在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版，前3版年均引用250次，累计引物1600+；可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测。 临床上使 ...
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2017-08-01 23:00:32
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原文来源：x2yline在生信进化树上的评论，http://www.biotrainee.com/thread-626-1-1.html Ensemble（ ensembl.org网站是常用真核生物参考基因组来源之一 ）能够对人类基因自动进行注释，包括人类，小鼠，斑马鱼，猪和大鼠等，也包括来自HAV ...
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2017-07-29 16:35:46
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