第三代测序技术是指单分子测序技术，在测序过程中不需要涉及PCR扩增，实现了对每一条DNA分子的单独测序。三代测序技术具有超长读长，还拥有不需要模板扩增、运行时间较短、直接检测表观修饰位点、较高的随机测序错误等特点。它弥补了第二代测序读长短、受GC含量影响大等局限性，已在小型基因组从头测序和组装中有较 ...
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2018-09-05 23:43:28
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RNA测序（RNA Sequencing，简称RNA-Seq，也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing，简称WTSS），是基于二代测序技术研究转录组学的方法，可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量。 RNA-Seq有助于查 ...
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2018-08-23 14:15:58
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1）背景 伴随着大规模的基因分型及测序工程的产生(例如1000 Genomes Project),之前的信息贮存格式例如gff文件它记录了每一个基因的详细信息，其中许多基因信息在基因组之间是共享的，而我们需要记录的仅仅是不同基因组之间变异的地方，因此这些格式会显得格外冗余。这就迫切需要一种新的格式来 ...
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2018-08-20 12:24:31
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1）gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后，需要对这些数据进行解读，首先要先找到这些序列中转录起始位点、基因、外显子、内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析。gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式。 GFF(general feature forma ...
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2018-08-18 17:47:21
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一）Sam (Sequence Alignment/Map) 1) SAM 文件产生背景 随着Illumina/Solexa, AB/SOLiD and Roche/454测序技术不断的进步，各种比对工具产生，被用来高效的将reads比对到参考基因组。因为这些比对工具产生不同格式的文件，导致下游分析 ...
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2018-08-17 22:22:05
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第一步：下载Annovar 上Annovar官网下载（http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/），现在要邮件注册后才能下载。邮件注册后会给你最新版软件下载地址， 下载后文件为annovar.latest. ...
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2018-07-29 16:36:44
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原文网址： http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网：https://ccb.j ...
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2018-07-19 16:04:56
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UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的，该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信息，并提供一系列的网页分析工具。 1.MySQL安装 本人使用的是Centos6.8系统，推荐使用y ...
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2018-07-18 21:46:49
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1.什么是生物信息学，如何理解其含义？ 答：生物信息学有三个方面的含义： 1) 生物信息学是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配 、分析和解释的所有方面。 2) 生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言，特别是非编码区的实质；同时在发现了新基 ...
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2018-06-28 14:05:46
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这么多工具和基因组版本，选择困难症犯了，到底用哪个好呢？ 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus genome ...
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2018-06-03 19:31:22
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