基因组注释工具ANNOVAR是一款非常好用的注释软件，功能强大，输出数据简单美中不足就是对于非人类物种来说UI不够完善，因此总结一下整个注释的过程，帮助别人快乐自己。 首先我们需要明确我们需要的数据和软件： 数据包括： 这样就是所有的输入文件了，现在我们列举一下需要用到的软件： 有了这些我们就可开始 ...
分类：
其他好文 时间：
2019-01-13 11:42:50
阅读次数：
222
1、摘要 群居性的进化是进化的主要过渡之一，但其背后的基因组变化是未知的。我们比较了10种蜜蜂的基因组，它们的社会复杂性各不相同，代表了社会进化中的多种独立过渡，并报告了三项主要发现。 第一，许多重要的基因显示出中性进化的证据，这是随着社会复杂性的增加而放松选择的结果。 第二，没有单一的通往群居社会 ...
分类：
其他好文 时间：
2019-01-12 14:15:54
阅读次数：
150
人类基因组包含22条染色体和1条X或者Y染色体，这些染色体长度为45~279Mb，加起来共为3286Mb。 基于染色体的结构，全部基因可被分为常染色质（euchromatin）区域（通常包含活性基因）和异质染色质（heterochromatin）区域，后者携带低密度的活性基因。常染色质组成了基因组的 ...
分类：
其他好文 时间：
2018-12-05 02:14:07
阅读次数：
180
1.ChIP-seq简介 染色质免疫共沉淀技术（Chromatin-immunoprecipitation）也称结合位点分析法，被用于蛋白质与DNA的交互作用。该技术将染色质免疫沉淀与大规模并行DNA测序相结合起来鉴定与DNA相关蛋白结合部位。其可被用于精确绘制任意目的蛋白在全基因组上的结合位点。 ...
分类：
其他好文 时间：
2018-11-22 02:56:34
阅读次数：
460
一个关于对比（参考基因组）的弱智错误 2018年10月25日 23:55:04 生信小白白 阅读数：19 一个关于对比（参考基因组）的弱智错误 2018年10月25日 23:55:04 生信小白白 阅读数：19 一个关于对比（参考基因组）的弱智错误 一个关于对比（参考基因组）的弱智错误 2018年1 ...
分类：
其他好文 时间：
2018-11-10 16:49:21
阅读次数：
587
直系同源预测方法 发表于2011 年 12 月 19 日 直系同源的基因通常具有相似的生物学功能，所以我们在进行一个未知序列的功能的鉴定的时候，其实质在找功能已知的同源基因。功能基因组的研究过程中，对于两个或者多个物种的同源基因进行鉴定，是功能基因鉴定、比较基因组、功能基因分类、pathway预测等 ...
分类：
其他好文 时间：
2018-11-10 15:58:51
阅读次数：
373
转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装，当然也可用于转录本的定量。前者于2016年的 protocol上发表的转录组 ...
分类：
其他好文 时间：
2018-11-09 21:38:31
阅读次数：
557
二代测序技术比较： 公司 平台名称 测序方法 检测方法 读长（bp） 优点 相对局限性 罗氏/454 基因组测序仪FLX系统 焦磷酸测序法 光学 230-400 二代测序中读长最长；比一代测序通量要大 样品制备较难；难于处理重复和同种碱基多聚区域；试剂冲洗带来错误累积；仪器昂贵； Illumina ...
分类：
其他好文 时间：
2018-11-03 11:25:03
阅读次数：
198
1.bowtie 短序列比对工具，blast也是短序列比对工具，速度快，结果易理解。 输入可以是fastq或者fasta文件。 生成比对结果文件sam格式的吧。 2.bwa 转自:https://www.jianshu.com/p/1552cc6ac3be 将DNA序列比对到参考基因组上的软件，包含 ...
分类：
其他好文 时间：
2018-10-27 00:06:21
阅读次数：
843
1.2.6如果字符串s中的字符循环移动任意位置之后能够得到另一个字t,那么s就被称为t的回环变位(circular rotation)。例如,ACTGACG就是TGACGAC的一个回环变位，反之亦然。判定这个条件在基因组序列的研究中是很重要的。编写一个程序检查两个给定的字符串s和t是否互为回环变位。 ...
分类：
其他好文 时间：
2018-10-25 14:04:03
阅读次数：
92
