为什么需要做meta分析 群体分层是GWAS研究中一个比较常见的假阳性来源. 也就是说，如果数据存在群体分层，却不加以控制，那么很容易得到一堆假阳性位点。 当群体出现分层时，常规手段就是将分层的群体独立分析，最后再做meta分析。 1.如何判断群体是否分层 先用plink计算PCA，具体方法详见链接 ...
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2019-05-23 17:07:48
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一文读懂基因测序技术的前世今生 随着人们对自身基因遗传信息的了解和掌握，使得基因检测技术不断发展和完善，基因检测技 术也得到了迅猛发展，下面就和小编一起看看这些年测序技术的发展历程。 测序技术的每一次变革，都是对基因组研究，疾病医疗研究，药物研发等领域的巨大推动作用。 从1977年第一代DNA测序技 ...
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2019-05-19 12:18:22
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一、bwa比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数：is[默认] or bwtsw，即bwa构建索引的两种算法，两种算法都是基于BWT的（BWT search while the CIGAR string by Smith-Wat ...
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2019-05-18 14:00:22
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三代组装小基因组研究综述 三代测序 组装 三代组装各种原理和方法都有。 近日illumina发布了新的测序仪NovaSeq系列，这个测序是相当的便宜，这个可能对于打开100美元人类基因组时代的大门有巨大的帮助。不过本篇文章小编不讲NovaSeq，感兴趣的自行百度就可以了。 小编目前主要是三代动植物基 ...
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2019-05-13 20:13:36
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之前我有过一篇16s基本概念和数据分析的文章。16S 基础知识、分析工具和分析流程详解 宏基因组测序 2010 - A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing - 王俊 华大基因前CEO王俊发表 ...
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2019-05-12 10:58:11
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Genotype-Tissue Expression Project (GTEx) Roadmap Epigenomics Project 这个研究的思路是什么？鉴定出有功能调控作用的变异。 对于复杂性状，通常会由很多遗传因素来控制，从而影响到表型。GWAS鉴定出了很多SNP，但是却只能解释部分he ...
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2019-05-03 13:01:21
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要做就做深做精！ 问题： 什么是enhancer？一般多长？enhancer可能会出现在基因组的哪些区域？promoter呢？ enhancer和promoter的关系？enhancer、promoter、TF和RNA聚合酶II是如何在一起作用的？ enhancer如何影响基因表达？ 如何鉴定enh ...
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2019-05-02 18:54:45
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符号表应用 在计算机发展的早期，符号表帮助程序员从使用机器语言的数字地址进化到在汇编语言中使用符号名称；在现代应用程序中，符号名称的含义能够通行于跨域全球的计算机网络。快速查找算法曾经并继续在计算机领域中扮演着重要角色。符号表的现代应用包括科学数据的组织，例如在基因组数据中寻找分子标记或模式从而绘制 ...
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2019-02-22 21:32:13
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1、简单介绍 BeeBase是一个在线生物信息学数据库，显示与Apis mellifera、欧洲蜜蜂以及一些病原体和其他物种有关的数据。它是与蜜蜂基因组测序联盟合作开发的。BeeBase是蜜蜂研究社区的一个综合序列数据源。目前寄主的基因组有蜜原Apis及其三种病原菌，以及Bombus terreli ...
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2019-01-25 21:42:05
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一、超算的缘由 随着时代的发展，一些具有挑战性的重要问题摆在人们面前。比如，全球气象预报、高精度核爆模拟、流体湍流、人类基因组、半导体建模等等，对计算的时间、精度、吞吐率等提出了高要求。 就气象预报而言，需要进行大气建模，将大气层划分为三维区域单元，需要大量的计算量。增加计算速度的一种办法是多处理机 ...
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2019-01-21 00:34:32
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