病原微生物分析： Eg：痢疾杆菌 测序 比对（K12vs治病菌1vs治病菌2），发现： “毒力岛”：K12没有，两个治病菌有，缩小搜寻范围。 “黑洞”：K12有，但两个治病菌没有。 SARS： 构建系统发育树，发现由冠状病毒进化而来。 不同地区的SARS基因组比较，可溯源病毒传播 根据各SARS冠状 ...
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2019-11-20 12:31:24
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`MEGAN（Metagenome Analyzer） Diamond+MEGAN6`已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因，我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的 使用方法差别较大，尤其在命令行模式下。网上的关于这方面的资料也寥寥无几，这里简单记录下使用方法，主要是针对 平 ...
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2019-10-28 10:46:30
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生物信息：找出基因，生物学家使用字母A、C、T和G构成的字符串建模一个基因组。一个基因是基因组的子串，它从三元组ATG后开始在三元组TAG、TAA或TGA之前结束。此外，基因字符串的长度是3的倍数，而且基因不包含三元组ATG、TAG、TAA和TGA。编写程序提示用户输入一个基因组，然后显示基因组里的 ...
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2019-10-27 16:24:11
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国际人类基因组组织（The Human Genome Organisation，简称HUGO）是一个参与绘制人类基因组图谱的人类基因组计划的国际非政府组织。人类基因组组织作为一国际组织成立于1989年。人类基因组组织基因命名委员会（HGNC）给每个基因一独特的基因名称和基因符号。 ...
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2019-10-25 23:32:01
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长非编码RNA，英文名为long noncoding RNAs，缩写为lncRNA，是指长度大于200 核苷酸的非编码RNA。LncRNA因具有非常重要的调控功能，且几乎参与到了各种生物学过程和通路，与各种疾病的发生发展紧密关联，从而成为过去几年和将来的研究热点和重点。对于人类基因组来说，产生的ln... ...
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2019-10-25 23:31:16
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细胞在组织中的空间位置强烈影响者它们的功能，然而，目前缺乏可高通量且全基因组范围内在单细胞水平对基因表达进行准确捕获的技术。原文作者开发了Slide-seq技术，这是一种将组织切片中的RNA转移到表面的方法，表面覆盖有已知位置的DNA条形码珠，通过测序可以推断出RNA的位置。使用Slide-seq技... ...
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2019-10-25 23:24:09
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身体所有细胞的累积活动，以及它们无数的相互作用、存亡历程和环境变化，产生了人类个体特有的性状。对人类细胞类型进行分类，了解它们是如何发展的，它们在个体之间是如何变化的，以及它们在疾病中是如何失去正常功能的，这是一个长期的目标。单细胞基因组学彻底改变了这一领域的发展，因为基于测序的方法提供了一种基于高... ...
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2019-10-25 23:10:30
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Entrez是一个搜索引擎，国家生物技术信息中心（NCBI）网站集成了 几个健康科学的数据库，如：如“科学文献，DNA和蛋白质序列数据库， 蛋白质三维结构，蛋白质结构域的数据，表达数据，基因组完整拼接本等。 Entrez的编程工具”（eUtils）：通过它把搜索的结果返回到自己编写的程序里面， 需要 ...
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2019-10-20 11:25:10
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来自：https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程，能够组合GeneMark，AUGUSTUS和转录组数据。 在使用软件之前，有几点需要注意下 尽量提供高质量的基因组。目前随着三代测序价格下降，这一 ...
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2019-10-14 14:39:41
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在做基因组拼接的时候，有时候已经获得了一堆contig或者scaffold，然后需要利用另外的一个pair-end或者mate-pair文库进一步做scaffolding的话。用什么软件好呢？ 最近使用了一款SSPACE貌似不错，这款软件可以利用Pair-End（PE）和Mate-Pair（MP）的 ...
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2019-10-10 00:14:47
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