生物医学大数据-组学数据资源 困境： 经过human genome project之后得到了Book of life，但是测得base仅仅是生物信息学分析的开始，因为发现了数据的几个重要特点。首先是数据量过大，虽然科学家想通过不同组学角度（组学也随着数据量的增多层层细化和深入）来简化和系统解读过程， ...
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2019-09-05 18:57:20
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原文引用https://www.dazhuanlan.com/2019/08/25/5d625e390b317/ 用SOAPdenovo对Illumina paired-end进行基因组组装时需要配置文档，其中要填写每个文库的average insert size，那么如何进行average ins... ...
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2019-08-25 19:59:31
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这个需求真的太常见了！注意问题强调的几个关键词：一是快速，二是大量，三是差异明显。在生成大量元素比较图时要明显区分不同样本，比如宏基因组中的物种分析： 方法一：自定义 自定义颜色：优点是选择差异明显的颜色，缺点是费时费力，不知选多少种，眼睛都要挑花。 R的颜色板很多网站都可以查，随意搜一个贴上： " ...
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2019-08-16 00:35:54
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在进化过程中，新基因通常来自事先存在的基因，新基因的功能从先前基因的功能进化而来。新基因的原材料 来自基因组区域的重复，这种重复可包括一个或多个基因。 作为物种形成的伴随事件而被重复，并继续保持相同功能的基因，称为直系同源基因（orthologous gene）。 新的基因功能可由在单个物种的基因组 ...
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2019-07-04 15:50:37
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Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-The sequencing revolution short-read sequencing (SRS) (因大规模基因组数据需要，采用Illumina p ...
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2019-06-26 13:43:20
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Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-online 因为基因组不是独一无二的，同时人类基因组可以组为参考数据，所以最近这些年涌现了脊椎动物的基因数据，所以我们可以利用比较基因组学获得生物学各方面的 ...
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2019-06-26 13:20:19
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5.9细胞器基因组是编码细胞器蛋白质的环状DNA分子 细胞器中除真核细胞线粒体DNA（mtDNA）是线性的外，都是环状分子，比如叶绿体DNA（ctDNA，cpDNA）。因为单个细胞器有几套不同拷贝的细胞器基因组，同一个细胞内有许多不同细胞器。所以，细胞器基因组可以认为是重复序列。 叶绿体基因组大，线 ...
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2019-06-22 20:03:19
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5.5 真核生物基因组包含非重复DNA序列和重复DNA序列 依据重复序列的频数，可将真核生物DNA做如下分类： 1次即非重复DNA（nonrepetitive DNA，相应的也会更长，随着基因组扩大（进化？），会变得更加长，因为序列长代表着它的稳定性好，所以该种DNA作为编码mRNA的序列，所以外显 ...
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2019-06-21 22:29:56
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完美人类假设：一类人，具有最完美的基因组，享受最健康的环境和饮食，同时拥有最健康的思想情绪，最终以最长的寿命，自然死亡。 自然死亡是自然生命最终的归宿，这是写在目前基因组里的铁律！ 不管科技如何发展，人最终都会追求生命的拓展和延续，所以医学总体是不可能败落的，只是医学的部分低价值的工作会被淘汰。 疾 ...
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2019-06-16 15:52:23
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生物信息的工具和数据库太多，但有一些基础的工具是必须精通的，甚至需要经常翻阅寻找灵感。 通用数据库： UCSC Genome Browser - 基因组的可视化 OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man - 研究疾病必备 专业数据库汇总： 单细胞数据库汇总 ...
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2019-05-29 15:07:32
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