Description Tom教授正在给研究生讲授一门关于基因的课程，有一件事情让他颇为头疼：一条染色体上有成千上万个碱基对，它们从0开始编号，到几百万，几千万，甚至上亿。比如说，在对学生讲解第1234567009号位置上的碱基时，光看着数字是很难准确的念出来的。所以，他迫切地需要一个系统，然后当他 ...
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2020-02-09 10:03:38
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一、遗传算法的由来 受生物学的启发， 在一个生物的任何一个细胞中，都有着相同的一套染色体。所谓染色体，就是指由 DNA 组成的聚合体。 传统上看，这些染色体可以被由数字 0 和 1 组成的字符串表达出来（实际上是由4种碱基）。 为了形式化定义一个遗传算法，我们可以将它看作一个优化方法，它可以尝试找出 ...
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2020-01-29 15:58:13
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去除基因组序列中的未定位的scaffold、Contig序列和线粒体序，主要针对NCBI提供refseq基因组序列，组装到染色体级别的物种基本都通用。将所有碱基统一成大写字母，并计算每条染色体长度，每80个字符换行。处理脚本如下： 1 use strict; 2 open A,"$ARGV[0]";... ...
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2020-01-08 11:00:43
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Hi-C是高通量染色体构象捕获（High-throughput Chromosome Conformation Capture, Hi-C）技术的简称，开发于2009年，最初用于捕获全基因组范围内所有的染色质内和染色质间的空间互作信息，目前已应用于基因表达的空间调控机制研究、构建染色体水平参考基因组 ...
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2019-12-19 17:39:30
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liftover的介绍 人类基因组有不同的版本，目前用的最多的是hg38和hg19，为了将不同版本的染色体上的位置一一对应，UCSC出了这款工具liftOver，官方的定义是： This tool converts genome coordinates and genome annotation f ...
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2019-12-10 22:26:45
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一、基本信息 标题：《基于遗传算法的自动组卷系统设计与实现 》 时间：2016 来源：西北农林科技大学 关键字：自动组卷；遗传算法；早熟；收敛 二、研究内容 问题定义：针对传统的组卷算法组卷速度慢、成功率较低、试卷质量不高的问题，本文提出结合BP算法对遗传算法中遗传因子进行学习训练，提高染色体的适应 ...
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2019-12-07 19:25:26
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参阅地址： https://www.jianshu.com/p/ae5157c26af9 代码实现： public class GA { private int ChrNum = 10; //染色体数量 private String[] ipop = new String[ChrNum]; //一个 ...
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2019-11-30 11:56:19
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1.遗传算法简介 遗传算法是一种基于自然选择和群体遗传机理的搜索算法,它模拟了自然选择和自然遗传过程中的繁殖、杂交和突变现象.再利用遗传算法求解问题时,问题的每一个可能解都被编码成一个“染色体”,即个体,若干个个体构成了群体(所有可能解).在遗传算法开始时,总是随机的产生一些个体(即初始解),根据预 ...
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2019-11-03 19:53:40
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生物信息学 Contig是reads拼成的连续的DNA片段，连续表达一个gene。通过双端测序的contig可确定contig之间的关系得到scaffold，Scaffold是reads拼成的有gap的DNA片段。理想情况下，一条染色体用同一个scaffold的表达。整个genome存在很多零碎片段 ...
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2019-10-23 13:22:54
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生物信息学 染色体可以据染色图谱判断染色体号码，1-22号染色体依次变短，它们影响机体发育，23号染色体决定性别。肿瘤是由于遗传密码变异造成的。因此，遗传密码的解读非常重要，但是因为遗传密码长度非常长，所以虽然已经全部测出来，但是破译它们依然存在很多难题。 生物信息学是一个学科领域，它的研究对象基因 ...
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2019-09-18 23:21:22
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