人类基因组包含22条染色体和1条X或者Y染色体，这些染色体长度为45~279Mb，加起来共为3286Mb。 基于染色体的结构，全部基因可被分为常染色质（euchromatin）区域（通常包含活性基因）和异质染色质（heterochromatin）区域，后者携带低密度的活性基因。常染色质组成了基因组的 ...
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2018-12-05 02:14:07
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遗传算法基本原理 遗传算法是从代表问题可能潜在解集的一个种群开始的，而一个种群则由经过基因编码的一定数量的个体组成。每个个体实际上是染色体带有特征的实体。作为多个基因的集合，单个染色体是遗传物质的主要载体，其在种群中的命运由其基因组合决定。初始种群产生以后按照优胜劣汰、适者生存的原理，逐代演化产生出 ...
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2018-10-21 12:08:08
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1）BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。每行的数据格式要求一致(见下图)。 每条线的字段数目必须是任意单 ...
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2018-08-19 13:03:12
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1）gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后，需要对这些数据进行解读，首先要先找到这些序列中转录起始位点、基因、外显子、内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析。gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式。 GFF(general feature forma ...
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2018-08-18 17:47:21
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浅谈遗传算法： "https://www.cnblogs.com/AKMer/p/9479890.html" Description $mzf$在踏上寻找$oxy$的路程之后不小心碰到了大魔王$fater$。 大魔王看了看$mzf$的命运，心生怜悯，便给$mzf$和自己做一个交换的机会。 这个交换是 ...
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2018-08-18 14:24:52
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1、下载安装bedtools； 2、生成bed文件；标准的bed文件格式如下： 如果你只有染色体、起始位置和终止位置信息的话，也无大碍。不大标准但是不伤大雅的bed文件格式如下： 3、提取多个位置的vcf文件； ...
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2018-07-25 23:09:11
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一、BED 文件格式 BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释的信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。 每行的数据格式要求一致。 必须包含的3列： 1.chrom, 染色体名字(e.g. chr3， chrY) 2.chromStart, 目标区段在染色体起始位置 ...
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2018-07-18 21:44:50
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bed file是靶向测序中一个重要的文件，是告诉call SNP的软件，目标的基因位置在染色体的什么地方。主要用到的工具是UCSC gene browser 1.外显子的靶向文件 UCSC:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables. 按照下表填好，把自己的目标 ...
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2018-06-25 17:00:44
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首先，下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后，将vcf文件进行基因型定相，分四步走。 第一步，将vcf文件转化为plink二进制文件（.bed, .bim, .fam）。 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具，见如下命令： 注：这里的metaData，输入的fam文件 ...
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2018-06-20 18:57:24
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1、遗传算法介绍 遗传算法，模拟进化论的自然选择和生物进化构成的计算模型，一种不断选择优良个体的算法。谈到遗传，想想自然界动物遗传是怎么来的，自然主要过程包括染色体的选择，交叉，变异，这些操作后，保证了以后的个基本上是最优的，那么以后再继续迭代这样下去，就可以一直最优了。 2、解决的问题 遗传算法能 ...
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2018-05-12 11:17:18
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