生物信息学原理作业第四弹：DNA序列组装（贪婪算法） 原理：生物信息学（孙啸） 大致思想： 1. 找到权值最大的边； 2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边； 3. 除去以最大权值边为终点为终点的边； 4. 重复上述步骤，得到所有符合条件的边； 5. 拼接得到的边； 6. 加入孤立点（如果有 ...
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2017-12-04 22:23:12
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生物信息学原理作业第二弹：利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理：https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 贴上python代码： 后面会加入命令行。 多种结果这里只取了一种 ...
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2017-11-27 14:14:40
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最近在上生物信息学原理，打算记录一些课上的作业。第一次作业：如题。 基本思路： 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息。GFF格式见 http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提 ...
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2017-11-27 00:14:03
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sra文件转换为fastq格式 1 fastq-dump -h 1 fastq-dump -h 1 fastq-dump -h 1 fastq-dump -h 1 fastq-dump -h fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件，那么这个参数就会被忽略 ...
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2017-10-30 11:25:06
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2017-10-09 09:55:12
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BioNano数据的管道 K-INBRE生物信息学核心为BioNano分子图或预组装的BioNano基因组图谱创建了易于使用的管道，用于多次常规的组装和/或对准实验。 所有管道都有样本数据集和教程。管道从您从测绘设施收到的原始数据或汇编的基因组图谱中完成分析。 在使用这些脚本之前，不需要命令行的体验 ...
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2017-09-23 18:53:27
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恢复内容开始 姓名：袁琳琳 学号：2117216077 专业：计算机 方向：生物信息 本科哈尔滨医科大学，专业生物信息学，主修课程有统计学，计算机，生物，学习及参与过生物信息相关的 课题，会做些生物数据的处理及统计分析，会将结果可视化，编程能力不强，但是对计算机有兴趣，希望可 以紧跟班级及小组的步伐 ...
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2017-09-17 17:28:50
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概述 作为生物信息学中的基本组成和重要基础，生物序列比对旨在找出两个或多个生物序列之间的相似性，发现生物序列中的功能、结构和进化信息。 生物序列比对在现实生活中有广泛的应用价值。从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达结构和功能的生物信息；在序列分析中,将未知序列同已知序列进行相似性比较是一种强有力的... ...
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2017-09-17 15:03:53
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概述 动态规划（英语：Dynamic programming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。动态规划常常适用于有重叠子问题和最优子结构性质的问题，动态规划方法所耗时间往往远少于朴素解法。动态规划背 ...
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2017-09-10 12:33:28
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转载：http://boyun.sh.cn/bio/?p=1711 这里对多重序列比对格式(Multiple sequence alignment – MSA)进行总结。在做系统演化分析、序列功能分析、基因预测等，都需要涉及到多重序列比对。特别是当需要用不同软件对多重比对序列进行批量操作时，会遇到各 ...
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2017-08-31 23:11:31
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