1.生物大分子序列分析 2.主要技术 3.生物信息学的应用 4.应用2 ...
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2018-09-08 22:43:49
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1)背景 生物信息学研究经常涉及计算或提取基因的各种特征,如基因ID作图,GC含量计算和不同类型的基因长度,通过操纵基因模型,这些模型通常以GTF格式注释,可从ENSEMBL或GENCODE数据库获得。这种计算对于后续分析是必不可少。 然而,专门用于直接从GTF文件分析各种模式的基因模型的软件包尚未 ...
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2018-08-29 14:46:00
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注:终于写到最激动人心的部分了。假设检验应该是统计学中应用最广泛的数据分析方法,其中像"P值"、"t检验"、"F检验"这些如雷贯耳的名词都来自假设检验这一部分。我自己刚开进入生物信息学领域,用的最多的就是"利用t检验来判断某个基因在实验组和对照组中表达量的差异是否显著"。此外,对"P值"真正含义的探 ...
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2018-08-18 19:47:32
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Python是一门广泛用于生物信息学、数据分析和Web编程等领域的编程语言。Python代码简单优雅,容易看懂,已经成为生物学家的热门编程语言。Python的一个好处是你可以快速地编写程序,而无需在掌握大量编程知识后编写程序。Python提供不同的编程风格,包括命令式编程风格、面向对象编程风格、函数 ...
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2018-07-26 18:29:09
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简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ)。 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的。 SRA数据库数据来自高 ...
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2018-07-18 21:51:01
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在生物信息学分析中,经常对DNA序列进行一系列操作,包括子序列截取,互补序列获取,反向序列获取,反向互补序列获取。在python语言中,可编写如下函数完成这些简单功能。 子序列截取 python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: 注意,切片操作是“0-base”的,包左不包右。 互补序 ...
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2018-07-18 21:37:18
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1.什么是生物信息学,如何理解其含义? 答:生物信息学有三个方面的含义: 1) 生物信息学是一个学科领域,包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配 、分析和解释的所有方面。 2) 生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头,破译隐藏在DNA序列中的遗传语言,特别是非编码区的实质;同时在发现了新基 ...
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2018-06-28 14:05:46
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生物信息学题目整理: 陈润生: 一、什么是生物信息学?你怎么理解它的含义? Genome informatics is a scientific discipline that encompasses all aspects of genome information acquisition, pr ...
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2018-06-28 13:59:31
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今天心情真的像个大杂烩,文章又要返修,女友莫名生气,一大堆烦心事情,真的不想搞了。断断续续学了半年的python感觉还是在初级水平,掌握了基本的命令和语句,但还是只能写个小小的脚本,任重道远啊。本来想学习点计算机语言搞生物信息学。奈何根基太浅人家不要,最后是干了老本行。老板一直让读博,签工作的事情还 ...
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2018-01-25 00:21:47
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生物信息学原理作业第五弹:K-means聚类的实现。 转载请保留出处! K-means聚类的Python实现 原理参考:K-means聚类(上) 数据是老师给的,二维,2 * 3800的数据。plot一下可以看到有7类。 怎么确定分类个数我正在学习,这个脚本就直接给了初始分类了,等我学会了再发。 下 ...
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2017-12-06 22:06:30
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